Konkurrensverket är samtidigt kritiskt mot att kommissionen inte med mer kraftfulla förslag försöker särskilja företagens roller som infrastrukturägare respektive järnvägsoperatörer. Med en sådan högre ambition skulle vissa förslag på ökade detaljregleringar och kontrollfunktioner sannolikt kunnat undvikas. Förutsättningarna för ett konkurrensneutralt och icke-diskriminerande tillträde till spåren skulle då också varit bättre. Ett av kommissionens förslag innebär att ett dominerande järnvägsföretag på gods- eller persontrafikmarknaden måste ha en organisation där trafikverksamheten är separerad från enheter som tillhandahåller tjänster. Konkurrensverket hänvisar med anledning av detta till ett förslag i Konkurrensverkets rapport ”Åtgärder för bättre konkurrens – förslag” från 2009. Där föreslogs att den statligt ägda godsoperatören på järnväg, Green Cargo AB, skulle delas upp. Ett nytt oberoende företag som kan erbjuda växlings- och rangeringstjänster på konkurrensneutrala villkor till samtliga godsföretag på järnvägsmarknaden bör bildas.